长非编码RNA的功能注释及调节网络研究
编号：107
访问权限：仅限参会人
更新：2022-07-13 09:31:36
浏览：383次
特邀报告
报告开始：2022年07月24日 16:40 （Asia/Shanghai）
报告时间：20min
所在会议：[S1] 分会场1 » [S1-2] 高通量测序与生命组学大数据
暂无文件
摘要
长非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是一类长度大于200nt且不编码蛋白质的非编码RNA (noncoding RNA, ncRNA)。研究表明，lncRNA通常在生物体内起调节作用，参与众多重要的生物过程，如基因印迹、细胞分化、免疫反应、生长发育、人类疾病及肿瘤发生等，有些lncRNA甚至可以作为癌症诊断和预后的标记物，可见lncRNA的重要性。lncRNA作为调节性ncRNA，与多种生物分子如蛋白质、microRNA (miRNA)和mRNA等发生相互作用，形成复杂的生物调节网络，参与癌症发生发展的调控(Zhang, Tao et al. 2018)。但由于lncRNA的序列特征除了不编码蛋白质，在很多方面与mRNA类似，如具有Poly-A,可变剪切等，且lncRNA的数量与mRNA相当，甚至更多，很多物种的lncRNA仍然没有完全确定，尤其是疾病相关的lncRNA及其调节关系仍然没有明确。为此，我们整理了10套癌症相关的全基因组CRISPR筛选数据，涉及33种不同的癌症类型，共938个样本，鉴定出799个泛癌必需蛋白编码基因和97个泛癌必需lncRNA，同时构建基于超几何分布检验和随机游走的必需lncRNA预测模型，获得495个新的泛癌必需lncRNA(Zhang, Tao et al. 2019)。另外，基于多组学特征，开发了lncRNA与蛋白编码基因相互作用的预测模型(Zhang, Yi et al. 2020)，并搭建基于调节网络的lncRNA功能注释平台ncFANs v2.0(Zhang, Bu et al. 2021)，为lncRNA的进一步研究提供了重要分析工具和线索。
关键字
长非编码RNA;功能注释;调节网络
报告人
廖奇
副教授 宁波大学廖奇，博士生导师，宁波大学医学院副院长。2007-2012年中山大学医学院就读本科、博士，2008年-2011年在中科院计算技术研究所学习和研究生物信息学课题，2012年入职宁波大学医学院，2015年8月至2016年8月作为访问学者在哈佛大学丹娜法伯癌症研究中心进修。研究方向为非编码RNAs的生物信息学分析，特别是非编码RNAs的鉴定、功能、调节网络分析及与疾病和癌症的关系。迄今为止以第一作者或通讯作者身份在国际著名SCI top期刊Nucleic Acids Res、Briefings in bioinformatics、Bioinformatics等发表通讯作者或第一作者论文30多篇，单篇SCI他引最高354次。主持国家自然科学基金、省自然科学基金、市自然科学基金各2项。目前担任中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会理事，浙江省生物信息学学会常务副秘书长，浙江省生物信息学学会青年委员会主任委员及精准医学专业委员会副主任委员，浙江省预防医学会卫生统计学专业委员会委员。2019年入选宁波市领军与拔尖人才第三层次，2022年入选浙江省高校领军人才青年优秀人才。
发表评论