新型冠状病毒已成为世界范围流行的重大疫情，严重影响了世界经济和人类健康。新冠病毒的变异、演化和流行趋势，受到国内和国际社会广泛关注。我们与合作者在疫情早期通过对公共数据库中新冠病毒基因组全序列进行分子演化系统分析，发现依据两个高度连锁的突变位点(分别位于参考基因组的第8782和28144位)，可以把新冠病毒主要分为“L”和“S”两个谱系。在此基础上，进一步构建了基于特征位点的分层次谱系划分系统。利用分子进化模拟，首次澄清了以蝙蝠和穿山甲的病毒序列作为人类新冠病毒进化分析外群可靠性方面的争议；通过群体遗传学理论建模并拟合实际数据，探索了新冠病毒传播中的“奠基者效应”，提出5-10个带病毒的入境者足以引起大部分国家/地区的疫情这一观点。与多家团队合作，通过对疫情爆发早期武汉地区271名患者的新冠病毒基因组和临床症状进行分析，发现S谱系病毒感染者中危重症比例显著高于L谱系病毒感染者，而且这种致病性上的差异不受患者年龄、性别、基础病等因素影响。上述研究工作为解析病毒的进化规律和传播轨迹提供了理论依据，也为新冠肺炎疫情的临床诊断及输入型病例可能的风险及防控政策的制定提供参考。