从三维基因组视角看肿瘤的发生发展
编号：93
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更新：2022-07-05 11:34:13
浏览：481次
特邀报告
报告开始：2022年07月23日 17:00 （Asia/Shanghai）
报告时间：20min
所在会议：[S2] 分会场2 » [S2-1] 基因组学与表观基因组学
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摘要
人细胞内的染色质结构非常复杂，长度约2米的DNA缠绕在微米级别的细胞核中，在高度复杂的结构中有序地行使着转录、复制、修复等功能。大量研究显示，染色质结构异常与多种疾病密切相关，那么，染色质结构在肿瘤的发生发展过程中发挥着什么样的作用，以及三维基因组研究如何指导肿瘤的诊断和治疗呢？针对这个问题，我们围绕染色质结构的基本单元——染色质拓扑关联结构域（topologically associated domain，TAD）开展了如下工作：1）基于TAD边界改变和转录异常，构建了TARGET计算框架来筛选癌基因；2）结合基因组结构变异与染色质三维结构重塑，探索胰腺癌发生发展的机制；3）基于TAD层级结构的变化，定义了TH score指标，发现基因的TH score变化与肿瘤的恶性表型及不良预后显著相关；4）提出科学假说，探讨染色质结构如何影响肿瘤的形成。
关键字
三维基因组；染色质拓扑关联结构域；基因组结构变异；肿瘤；基因表达调控
报告人
陈河兵
副研究员 军事医学研究院陈河兵，军事科学院军事医学研究院副研究员，北京市科技新星。主要研究染色质的结构和功能，运用深度学习等方法开发三维基因组计算方法并加以应用。作为负责人承担国自然青年项目、面上项目以及军委科技委等多项课题，以第一或通讯作者（含并列）在Nature Machine Intelligence、Advanced Science、Nucleic Acids Research、PLoS Computational Biology、Briefings in Bioinformatics、Bioinformatics等专业期刊发表研究论文20余篇，授权中国发明专利4项。担任《Quantitative Biology》期刊“三维基因组”专刊特邀编辑，兼任中国人工智能学会生物信息学与人工生命专业委员会委员、中国自动化学会智能健康与生物信息专业委员会委员。
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