基于SGV-Finder/GT_pro算法的ICB药物微生物组基因变异位点鉴定
编号：101
访问权限：仅限参会人
更新：2022-07-04 13:43:15
浏览：714次
口头报告
报告开始：2022年07月24日 17:05 （Asia/Shanghai）
报告时间：15min
所在会议：[S3] 分会场3 » [S3-2] 精准医学与转化医学信息学
暂无文件
摘要
肿瘤免疫检查点阻断剂（Tumor immune checkpoint blocker，ICB）药物反应个体差异大、免疫相关不良事件（immune-related adverse events，irAEs）发生率高，影响机制待查。研究显示肠道菌群物种丰度影响ICB反应，但未深入到菌株水平，而菌株由于存在基因变异而可能导致功能差异、从而通过与宿主互作影响药物反应。因此，研究者基于SGV-Finder/GT_pro算法构建应用宏基因组数据鉴定肠道微生物基因组结构变异和单核苷酸多态性的生物信息学分析流程，整合ICB临床试验数据（n>900）深入探索不同细菌物种变异结构和患者对ICB治疗疗效（药物应答、整体生存、无进展生存以及irAEs）的关联并鉴定ICB药物微生物基因组变异位点，发现Akkermansia muciniphila、Alistipes shahii等菌上存在与ICB药物反应关联的位点。本研究为ICB个体化用药提供新线索。建立的计算生物学分析流程将推进药物微生物基因组学研究。
关键字
肿瘤免疫检查点抑制剂；药物微生物；SGV-Finder; GT-Pro; 数据挖掘
报告人
刘荣
副研究员 中南大学湘雅医院临床药理研究所刘荣，副研究员，硕士研究生导师。中国药理学会药物基因组学专业委员会委员。主要从事肿瘤的药物基因组学/药物微生物组学研究。研究方向为肿瘤药物疗效相关基因网络、长链非编码RNA、免疫微环境特征、微生物遗传变异的识别与鉴定等，建立药物反应综合预测模型。主持国家自然科学基金青年基金1项，湖南省自然科学基金青年基金1项，湖南省教育厅重点项目1项。以第一和/或通讯作者在Ebiomedicine、Journal of translational medicine等期刊上发表论著20篇。
发表评论