国家基因组科学数据中心（NGDC）是2019年6月5日科技部、财政部通知公布的首批20个国家科学数据中心之一，由中国科学院北京基因组研究所作为依托单位，联合中科院生物物理研究所和上海营养与健康研究所共同建设。2019年11月13日，中编办批复中科院北京基因组研究所加挂国家生物信息中心（CNCB）牌子。CNCB-NGDC已建成组学原始数据归档库、基因组数据库、基因表达数据库、基因组变异数据库、甲基化数据库、基因组关联分析知识库、表观组关联分析知识库、犬类数据库等40余个数据资源库，开发形成了多组学数据库综合系统，并对外提供多组学数据汇交和存储服务，被国际权威期刊《核酸研究》列为国际主要生物大数据中心之一。组学原始数据归档库GSA已被国际著名出版商Springer Nature和Elsevier收录为指定的基因数据归档库。此外，通过跨库检索形式，中心还整合了国内合作科研机构近40个专业特色数据库以及NCBI和EBI的所有公开数据资源，极大丰富了数据资源类型。截至2022年7月，中心已汇交国内外580多家单位2760多个用户递交的组学数据，服务于科技部、自然基金委、中科院等5800多个科技计划项目，并成为国家人类遗传资源信息管理备份平台。GSA数据量近15 PB，相关数据发表于Cell、Nature、Science等300多种国内外期刊的1300多篇文章。中心于2020年1月22日上线了2019新冠病毒信息库，开展了全球新冠病毒基因组数据信息的汇聚及质量评估，建立了新冠序列实时整合及变异时空动态变化的监测平台，构建了全球新冠病毒的单倍体型网络，实现了病毒演化谱系的实时追踪和变化监测，为新冠病毒的分子溯源、新冠疫情的科学防控提供了关键技术支撑与决策依据。