[主旨报告]基于第一性原理的新冠病毒“免疫逃逸”位点预测

基于第一性原理的新冠病毒“免疫逃逸”位点预测
编号:164 访问权限:仅限参会人 更新:2022-07-12 11:49:00 浏览:1441次 主旨报告

报告开始:2022年07月23日 11:05 (Asia/Shanghai)

报告时间:25min

所在会议:[P] 全体会议 » [P-1] 开幕式及主旨报告1

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摘要
理论上讲,虽然我们永远也不可能全面地掌握新冠病毒与环境相互作用的流行病学信息和数据,但是新冠病毒与环境相互作用的结果会真实地反映在海量的病毒基因组随时间的演化图谱上,显然,“新冠病毒基因组的演化图谱是病毒与环境相互作用的结果,蕴含了驱动病毒演化的机制的信息”。这就是生物学中所说的-第一性原理,“基因组序列的一级结构决定了高级生物学机制和功能”。因此,要对新冠病毒演化趋势做出精准地预测,我们需要建立符合进化生物学原理的数学模型,完全从新冠病毒的基因组序列的演化图谱出发,解析病毒与环境相互作用的规律,提出病毒演化规律的预测模型。为此,我们采用NLP预训练模型,引入注意力机制,从新冠病毒基因组随时间演化的一张张动态演化图谱中,学习出新冠病毒随时间演化的规律,建立预测模型和病毒基因组的演化规律,可以成功预测新病毒在下一阶段出现的“时间和特征”。寻找新冠病毒基因组上的“免疫逃逸”位点以及它们与病毒适应度之间的相关性。
 
关键字
报告人
李亦学
广州实验室

李亦学1996年10月获德国海德堡大学理论物理研究所理论物理学博士学位。德国斯图加特大学计算机应用研究所计算数学博士后,欧洲分子生物学实验室(EMBL)生物物理博士后。现为广州国家实验室研究员,博士生导师, 中国科学院特聘研究员,上海科技大学特聘教授,上海交通大学生命科学与技术学院教授,中国生物信息学会(筹)副理事长,上海生物信息学会理事长,国家蛋白质机器、生物安全、精准医疗和IT&BT重点专项总体专家组专家,复旦大学遗传学教育部协同创新中心前沿生物技术部主任。曾任上海交通大学生物信息学和生物统计学系系主任,国家“十五” 863计划生物和农业技术领域生物信息技术主题专家组组长,国家“十一五” 863计划生物医药技术领域专家组专家。在包括 Science,Nature, Nature Genetics,Nature Biotechnology,Nature Method,Nature Protocol,Nature Communications,Lancet,Genome Research,Genome Biology,Genome Medicine,Molecular Biology & Evolution,PANS,Cell Research,Nucleic Acid Research, Bioinformatics,Plos Computational Biology 在内的专业杂志发表论文300篇以上,引用21868次以上,H因子72,获得上海市自然科学一等奖、二等奖,教育部自然科学一等奖。
 

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