三代 RNA 靶向测序技术系统性揭示转座元件引起的转录变化
编号：167
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更新：2022-07-12 12:57:17
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特邀报告
报告开始：2022年07月24日 15:00 （Asia/Shanghai）
报告时间：20min
所在会议：[S1] 分会场1 » [S1-2] 高通量测序与生命组学大数据
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摘要
转座子 (transposable element，TE) 既是细胞中的DNA诱变剂又是转录调控元件，其异常活性越来越多地被证明与多种疾病和肿瘤发生高度相关。因此，表征转座子所引起的转录变化对于揭示相关生物学机制十分关键。然而目前，获得转座子表达谱仍具有一定挑战，核心技术难点在于测序读长短和检测灵敏度低。在此背景下，我们基于三代纳米孔测序平台，开发了一种长读长的 RNA 靶向测序技术，特异性捕获 TE 转录本。结合相应的生物信息工具，此方法系统描述了 TE 所引起的转录变化，包括成功转录的 TE 插入突变、TE 相关的新转录本和宿主基因的表达水平。我们将此方法应用于研究 TE 在人类癌细胞中的调控功能。我们发现参考基因组固有的 TE 和细胞系特有的 TE 可能以不同的方式贡献于癌症相关基因的高表达。
关键字
三代长读长测序；转座元件；RNA靶向测序
报告人
谢丹
研究员 四川大学华西医院四川大学华西医院组学技术与生物信息研究室主任、研究员；四川大学生物治疗国家重点实验室、四川大学疾病分子网络前沿科学中心研究员、博士导师。获选国家“千人计划”青年引进人才、四川省“千人计划”引进人才，获DeepTech 2019生命科学领域创新人物。兼任中国医药生物技术协会精准医疗分会、中国医药生物技术协会基因检测技术分会、中国医药生物技术协会生物医学信息技术分会、中华预防医学会生物信息学分会、四川省国际医学交流促进会与四川省生物信息学会等多个学会委员。长期致力于基于组学技术、液体活检技术、单细胞测序技术、三代纳米孔测序技术等新实验方法及相应的人工智能算法的开发，综合应用统计分析模型对疾病及肿瘤的基因组、转录组、表观遗传组等高通量多组学测序数据进行联合分析，深度挖掘其生物学意义，开创高效的肿瘤检测与监控的新方法。已发表30篇论文，其中通讯/第一作者高水平论文20篇，发表的杂志包括Cell、Nature Biotechnology、Nature Medicine等。2篇文章分别当选Nature Medicine、Genome Research等当期杂志的封面文章。主持国家自然科学基金4项，其中包括“重大研发计划”1项。担任Nature Biotechnology、Nature Communications、Cell Discovery等特约审稿人。
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