人类主要组织相容性复合体 (Major Histocompatibility Complex, MHC)，又称人类白细胞抗原 (Human Leukocyte Antigen, HLA)，在适应性免疫系统中发挥着至关重要的作用，它递呈抗原肽，继而被T细胞捕获引发免疫反应。MHC区域已被证明与多种疾病有关，但其在不同群体中的高多态性和遗传异质性阻碍了其治病机制的研究，探索MHC-肽结合模式的变化有助于揭示MHC相关疾病的发病机制。因此我们提出了HLA3D工具包旨在全面分析不同人群的HLA分子机制。该工具包覆盖了美国人群、欧洲人群、中国人群所有常见HLA Ⅰ类分子的序列、结构、频率、文献、单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）位点信息，为不同人群提供一个全面的HLA查询系统，供不同人群从结构层面阐释与 HLA相关疾病的致病机制，完善HLA分子与疾病的关联。此外，考虑到HLA分子在移植以及肿瘤疫苗领域中的作用，我们基于HLA分子的结构计算不同HLA分子的差异免疫原性，为移植提供风险预测，并结合常见 HLA 分子与肿瘤的热点突变，预测常见肿瘤中的潜在肿瘤新抗原，为研究者提供参考。该数据库在肿瘤和新冠免疫治疗方面都得到了具体的应用，发挥了应有的作用。