泛癌必需长非编码RNA的鉴定及调节网络研究
编号:39
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更新:2022-06-28 16:51:47 浏览:200次
口头报告
摘要
长非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是一类长度大于200nt且不编码蛋白质的非编码RNA (noncoding RNA, ncRNA)。研究表明,lncRNA通常在生物体内起调节作用,参与众多重要的生物过程,如基因印迹、细胞分化、免疫反应、生长发育、人类疾病及肿瘤发生等,有些lncRNA甚至可以作为癌症诊断和预后的标记物,可见lncRNA的重要性。lncRNA作为调节性ncRNA,与多种生物分子如蛋白质、microRNA (miRNA)和mRNA等发生相互作用,形成复杂的生物调节网络,参与癌症发生发展的调控。但由于lncRNA的序列特征除了不编码蛋白质,在很多方面与mRNA类似,如具有Poly-A,可变剪切等,且lncRNA的数量与mRNA相当,甚至更多,很多物种的lncRNA仍然没有完全确定,尤其是疾病相关的lncRNA及其调节关系仍然没有明确。为此,我们整理了10套癌症相关的全基因组CRISPR筛选数据,涉及33种不同的癌症类型,共938个样本,鉴定出799个泛癌必需蛋白编码基因和97个泛癌必需lncRNA,同时构建基于超几何分布检验和随机游走的必需lncRNA预测模型,获得495个新的泛癌必需lncRNA。另外,基于多组学特征,开发了lncRNA与蛋白编码基因相互作用的预测模型,并搭建基于调节网络的lncRNA功能注释平台ncFANs v2.0,为lncRNA的进一步研究提供了重要分析工具和线索。
关键字
功能注释,长非编码RNA,调节网络,必需基因,泛癌
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